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研究業績 (Publications)

査読付き論文 | 書籍やその一部 (Books & Book chapters) | ポスター・口頭発表

査読付き論文 (Peer Reviewed Papers)


[37] Honda, H.*, Tamada, Y.*, Suda, R., Efficient Parallel Algorithm for Optimal DAG Structure Search on Parallel Computer with Torus Network, In Proceedings of the 16th International Conference on Algorithms and Architectures for Parallel Processing (ICA3PP 2016), Lecture Notes in Computer Science 10048, 483-502, 2016. (* These authors contributed equally to this work.) (Publisher site, Conference web site)
[36] Okazawa, H., Mao, Y., Tamura, T., Yuki, Y., Abe, D., Tamada, Y., Imoto, S., Tanaka, H., Homma, H., and Miyano, S., The hnRNP-Htt axis regulates necrotic cell death induced by transcriptional repression through impaired RNA splicing, Cell Death & Diseases, 7, e2207, 2016. (Full Text)
[35] Kato, T., Inoue, H., Imoto, S., Tamada, Y., Miyamoto, T., Matsuo, Y., Nakamura, Y., and Park, J.H., Oncogenic roles of TOPK and MELK, and effective growth suppression by small molecular inhibitors in kidney cancer cells, Oncotarget, 7(4), 17652-17664, 2016. (Full Text)
[34] Nakata, A., Yoshida, R., Yamaguchi, R., Yamauchi, M., Tamada, Y., Fujita, A., Shimamura, T., Imoto, S., Higuchi, T., Nomura, M., Kimura, T., Nokihara, H., Higashiyama, M., Kondoh, K., Nishihara, H., Tojo, A., Yano, S., Miyano, S., and Gotoh, N., Elevated β-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs, Scientific Reports, 5, 13076, 2015. (Full Text)
[33] Arima, C.*, Kajino, T.*, Tamada, Y.*, Imoto, S., Shimada, Y., Nakatochi, M., Suzuki, M., Isomura, H., Yatabe, Y., Yamaguchi, T., Yanagisawa, K., Miyano, S., Takahashi, T., Lung adenocarcinoma subtypes definable by lung development-related miRNA expression profiles in association with clinicopathologic features, Carcinogenesis, 35 (10), 2224-2231, 2014. (* These authors contributed equally to this work.) (Publisher site, Pubmed)
[32] Affara, M., Sanders, D., Araki, A., Tamada, Y., Dunmore, B.J., Humphreys, S., Imoto, S., Savoie, C., Miyano, S., Kuhara, S., Jeffries, D., Print, C., and Charnock-Jones, D.S., Vasohibin-1 is identified as a master-regulator of endothelial cell apoptosis using gene network analysis, BMC Genomics, 14, 23, 2013.
[31] Ogami, K., Yamaguchi, R., Imoto, S., Tamada, Y., Araki, H., Print C., and Miyano, S., Computational gene network analysis reveals TNF-induced angiogenesis, BMC Systems Biology, 6(Suppl 2), S12, 2012. (Full Text & PDF, Selected paper for Special Issue of GIW2012.)
[30] Wang, L., Hurley, D., Watkins, W., Araki, H., Tamada, Y., Muthukaruppan, A., Ranjard, L., Derkac, E., Imoto, S., Miyano, S., Crampin, E., and Print, C.G., Cell cycle gene networks are associated with melanoma prognosis, PLoS ONE, 7(4), e34247, 2012. (Full Text & PDF)
[29] Hurley, D., Araki, H., Tamada, Y., Dunmore, B., Sanders, D., Humphreys, S., Affara, M., Imoto, S., Yasuda, K., Tomiyasu, Y., Tashiro, K., Savoie, C., Cho, V., Smith, S., Kuhara, S., Miyano, S., Charnock-Jones, D.S., J. Crampin, E.J., and Print, C.G., Gene network inference and visualization tools for biologists: application to new human transcriptome datasets, Nucleic Acids Research 40(6), 2377-2398, 2012. (Abstract & PDF)
[28] Tamada, Y., Shimamura, T., Yamaguchi, R., Imoto, S., Nagasaki, M., and Miyano, S., SiGN: Large-scale gene network estimation environment for high performance computing, Genome Informatics, 25 (1), 40-52, 2011. (Abstract & PDF)
[27] Imoto, S., Kojima, K., Perrier, E., Tamada, Y., and Miyano S., Searching optimal Bayesian network structure on constraint search space: super-structure approach, Lecture Notes in Computer Science, Sprigner-Verlag, 6797, 210-218, 2011.
[26] Tamada, Y., Imoto, S., and Miyano, S., Parallel algorithm for learning optimal Bayesian network structure, Journal of Machine Learning Research, 12, 2437−2459, 2011. (Abstract & PDF)
[25] Tamada, Y., Yamaguchi, R., Imoto, S., Hirose, O., Yoshida, R., Nagasaki, M., and Miyano, S., SiGN-SSM: open source parallel software for estimating gene networks with state space models, Bioinformatics, 27 (8), 1172-1173, 2011. (Abstract, SiGN-SSM Web Site)
[24] Tamada, Y., Imoto, S., Araki, H., Nagasaki, M., Print, C., Charnock-Jones, D.S., and Miyano, S., Estimating genome-wide gene networks using nonparametric Bayesian network models on massively parallel computers, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 8 (3), 683-697, 2011. (Abstract & PDF, Online Supplement)
[23] Shimamura, T., Imoto, S., Nagasaki, M., Yamauchi, M., Yamaguchi, R., Fujita, A., Tamada, Y., Gotoh, N., and Miyano, S. Collocation-based sparse estimation for inferring continuous-time dynamic gene networks, Genome Informatics, 24, 164-178, 2010.
[22] Araki, H.*, Tamada, Y.*, Imoto, S.*, Dunmore, B., Sanders, D., Humphrey, S., Nagasaki, M., Doi, A., Nakanishi, Y., Yasuda, K., Tomiyasu, Y., Tashiro, K., Print, C., Charnock-Jones, D.S, Kuhara, S., and Miyano, S., Analysis of PPARα-dependent and PPARα-independent transcript regulation following fenofibrate treatment of human endothelial cells, Angiogenesis, 12 (3), 221-229, 2009. (* These authors equally constributed to this work.)
[21] Miyano, S., Yamaguchi, R., Tamada, Y., Nagasaki, M., and Imoto, S., Gene Networks Viewed through Two Models, Proceedings of the 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB 2009), LNBI 4652, 54-66, 2009.
[20] Tamada, Y.*, Araki, H.*, Imoto, S.*, Nagasaki, M., Doi, A., Nakinishi, Y., Tomiyasu, Y., Yasuda, K., Dunmore, B., Sanders, D., Humphreys, S., Print, C., Charnock-Jones, D.S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB2009), 14, 251-263, 2009. (Online Supplement, * These authors equally constributed to this work.)
[19] Hatanaka, Y., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Obayashi, T., Numata, K., Fujita, A., Shimamura, T., Tamada, Y., Imoto, S., Kinoshita, K., Nakai, K., and Miyano, S., A novel strategy to search conserved transcription factor binding sites among coepressing genes in human, Proc. Eighth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 20, 212-221, 2008.
[18] Affara, M., Dunmore, B., Savoie, C.J., Imoto, S., Tamada, Y., Araki, H., Charnock-Jones, S., Miyano, S., and Print, C.G., Understanding endothelial cell apoptosis: What can the transcriptome glycome and proteome reveal?, Philosophical Transactions of Royal Society, 62 (1484), 1469-1487, 2007.
[17] Termier, A., Tamada, Y., Numata, K., Imoto, S., Washio, T., and Higuchi, T., DIGDAG, a first algorithm to mine closed frequent embedded sub-DAGs, Proc. 5th International Workshop on Mining and Learning with Graphs, 2007. (MLG2007, Refereed conference).
[16] 鷲尾 隆, 樋口 知之, 井元 清哉, 玉田 嘉紀, 佐藤 健, 元田 浩, グラフマイニングとその統計的モデリングへの応用, 統計数理, 54 (2), 315-332, 2006. (要旨)
[15] 玉田 嘉紀, 井元 清哉, 宮野 悟, 異種ゲノムデータの統合による遺伝子ネットワーク推定手法, 統計数理, 54 (2), 333-356, 2006. (要旨)
[14] Termier, A., Tamada, Y., Imoto, S., Washio, T., and Higuchi, T., From closed tree mining towards closed DAG mining, Proc. International Workshop on Data Mining and Statstical Science, 1-7, 2006.
[13] Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Yoshida, R., Imoto, S., Doi, A., Tamada, Y., Matsuno, S., Miyano, S., and Higuchi, T., Genomic data assimilation for estimating hybrid functional petri net from time-course gene expression data, Genome Informatics, 17 (1), 46-61, 2006.
[12] Imoto, S., Tamada, Y., Araki, H., Yasuda, K., Print, C.G., Charnock-Jones, S.D., Sanders, D., Savoie, C.J., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Computational strategy for discovering druggable gene networks from genome-wide DNA expression profiles, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2006), 11, 559-571, 2006.
[11] Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M., and Miyano, S., Utilizing evolutionary information and gene expression data for estimating gene networks with Bayesian network models, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 3 (6), 1295-1313, 2005. (abstract, supplementary information)
[10] Nariai, N., Tamada, Y., Imoto, S., and Miyano, S., Estimating gene regulatory networks and protein-protein interactions of Saccharomyces cerevisiae from multiple genome-wide data, Bioinformatics, 21 Suppl. 2, ii206-ii212, 2005.
[9] Tamada, Y., Imoto, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Identifying drug active pathways from gene networks estimated by gene expression data, Genome Informatics, 16 (1), 182-191, 2005.
[8] Hirose, O., Nariai, N., Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S. and Miyano, S., Estimating gene networks from expression data and binding location data via Boolean networks, In Proceedings of the First International Workshop on Data Mining and Bioinformatics (DMBIO), Lecture Notes in Computer Science, 3482, 349-356, Springer-varlag, 2005.
[7] Tamada, Y., Kim, S., Bannai, H., Imoto, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Estimating gene networks from gene expression data by combining Bayesian network model with promoter element detection, Bioinformatics, 19 Suppl.2, ii227-ii236, 2003.
[6] Ott, S., Tamada, Y., Bannai, H., Nakai, K., and Miyano, S., Intrasplicing - Analysis of Long Intron Sequences, Proceedings of the eighth Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2003), 8, 339-350, 2003. (The electric version is available on the conference site.)

[5] Tamada, Y., Bannai, H., Maruyama, O., and Miyano, S., Foundations of Designing Knowledge Discovery Processes, Progress in Discovery Science 2001(Lecture Notes in Artificial Intelligence 2281), Springer-Verlag, 459-470, 2002.

[4] Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., Nakai, K., and Miyano, S., Extensive Feature Detection of N-Terminal Protein Sorting Signals, Bioinformatics, 18 (2):298-305, 2002. (abstract, PubMed)

[3] Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., and Miyano, S., VML: A View Modeling Language for Computational Knowledge Discovery, In Proceedings of the 4th International Conference on Discovery Science, 30-44, 2001.

[2] Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., and Miyano, S., Concepts for Accelerating the Computational Knowledge Discovery Process, Linkoping Electronic Articles in Computer and Information Science, 6, 2001. (http://www.ep.liu.se/ea/cis/2001/019/)

[1] Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., and Miyano, S., Views: Fundamental Building Blocks in the Process of Knowledge Discovery. In Proceedings of the 14th International FLAIRS Conference, 233-238, AAAI Press, 2001.

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書籍やその一部 (Books & Book Chapters)


[B6] 演習で学ぶ生命科学 第2版. 東京大学生命科学教科書編集委員会(編), 羊土社, 2017.(出版社の案内
[B5] 確率的グラフィカルモデル. 鈴木譲・植野真臣(編), 共立出版, 2016. (出版社の案内
[B4] 演習で学ぶ生命科学. 東京大学生命科学教科書編集委員会(編), 羊土社, 2016.(出版社の案内
[B3] 宮野 悟, 伊東 聰, Heewon Park, 白石 友一, 島村 徹平, 玉田 嘉紀, 井元 清哉, 「京」を使った大規模データ解析によるがんのシステム異常の網羅的解析. 永井 良三, 宮野 悟, 大江 和彦(編), 実験医学増刊号「ビッグデータ 変革する生命科学・医療」(Vol. 34, No. 5), 羊土社, 89-94 (733-738), 2016.(出版社の案内
[B2] Imoto, S., Tamada, Y., Araki, H., and Miyano, S., Computational drug target pathway discovery: a Bayesian network approach. In H. Lu, B. Schokop, H. Zhao (Eds.), Handbook of Computational Statistics: Statistical Bioinformatics, Springer-Varlag, 501-532, 2011.
[B1] Imoto, S., Tamada, Y., Savoie, C.J., and Miyano, S., Analysis of gene networks for drug target discovery and validation. In J. Walker and M. Sioud (Eds.), Target Discovery and Validation, Volume 1, pp.33-56 (a volume of "Methods in Molecular Biology" series), Humana Press, USA, 2006.
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ポスター・口頭発表・その他の論文など


FY2015

(April 2015 - March 2016)
[P65] Tamada, Y. Cancer Genome Research with Gene Network Analysis using Bayesian Networks, The second Workshop on Advanced Methodologies for Bayesian Networks (AMBN 2015) @ 慶応大学 日吉キャンパス(神奈川県横浜市) (Nov. 18, 2015). 口頭発表.
[P64] Tamada, Y., Tremmel, G., Niida, A., Yamaguchi, R., Imoto, S., and Miyano, S., The Cancer Network Galaxy: A Database of Cancer Gene Networks Estimated by SiGN-BN with K, Supercomputational Life Science 2015 @ 東京大学 武田ホール(東京都文京区) (Oct. 20-21, 2015). ポスター発表.

FY2014

(April 2014 - March 2015)
[P63] 玉田 嘉紀, ベイジアンネットワークとスーパーコンピュータを用いた遺伝子ネットワーク解析, 数学協働プログラム「確率的グラフィカルモデル」 @ 電気通信大学(東京都調布市) (Mar. 19, 2015). 招待講演.
[P62] 玉田 嘉紀, 京による全ゲノム遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアSiGN-BN NNSRの改良, 平成26年度 HPCI 戦略プログラム分野1全体ワークショップ @ 理化学研究所 計算科学研究機構(兵庫県神戸市) (Jan. 20, 2015). ポスター発表.
[P61] 玉田 嘉紀, Gene Network Estimation and Analysis with SiGN, 第 14 回 東京大学 生命科学シンポジウム @ 東京大学 伊藤国際学術研究センター(東京都文京区) (Apri. 26, 2014). ポスター発表.

FY2013

(April 2013 - March 2014)
[P60] 玉田嘉紀, バイオインフォマティクスにおける スーパーコンピューティングの過去・現在・未来 (と言う名の自分史と将来への希望), バイオスーパーコンピューティング研究会 ウィンタースクール 2014 @ 伊豆熱川温泉 熱川ハイツ(静岡県賀茂郡東伊豆町)(Jan. 24, 2014).口頭発表.
[P59] 玉田 嘉紀, 京を用いた超並列アルゴリズムによる大規模 遺伝子ネットワーク推定手法の研究開発とその応用, BiWO2013 HPCI Workshop @ 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター (CBRC) 臨海副都心センター別館(東京都江東区) (Sep. 11, 2013). 口頭発表.
[P58] 玉田 嘉紀, 観測データからその背後に潜むシステムを 予測する遺伝子ネットワーク推定, NGS 現場の会 第三回研究会 @ 神戸国際会議場(兵庫県神戸市) (Sep. 5, 2013). 口頭発表.
[P57] 玉田 嘉紀, ゲノム解析・遺伝子ネットワーク解析に おけるビッグデータ解析, 第10回戦略的高性能計算システム開発に関する国際ワークショップ (SDHPC) @ 北九州国際会議場(福岡県北九州市) (Jul. 30, 2013). 口頭発表.
[P56] 玉田 嘉紀, Georg Tremmel, 新井田 厚司, 斉藤 あゆむ, 島村 徹平, 山口 類, 井元 清哉, 宮野 悟, The Cancer Network Galaxy: a database of cancer gene networks, 第 13 回 東京大学 生命科学シンポジウム @ 東京大学 伊藤国際学術研究センター(東京都文京区) (Jun. 8, 2013). ポスター発表.

FY2012

(April 2012 - March 2013)
[P55] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 新井田 厚司, 斉藤 あゆむ, 長﨑 正朗, 井元 清哉, 宮野 悟, SiGN-BN: ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定プログラム, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」 「グランドチャレンジ・アプリケーションの研究開発」 公開シンポジウム @ 東京大学山上会館(東京都文京区) (Mar. 11, 2013). ポスター発表.
[P54] 玉田 嘉紀, 遺伝子発現データからの大規模遺伝子ネットワーク推定, 定量オミックスワークショップ @ 大阪大学バイオ関連多目的研究施設(大阪府吹田市) (Jan. 22, 2013). 口頭発表.
[P53] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 新井田 厚司, 斉藤 あゆむ, 長﨑 正朗, 井元 清哉, 宮野 悟, SiGN-BN: ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定プログラム, ISLiM ソフトウェア研究開発報告会 @ 東京大学武田ホール(東京都文京区) (Jan. 10-11, 2013). ポスター発表.
[P52] Tamada, Y., SiGN: Large-scale Gene Network Estimation Software for K Computer and HGC Supercomputer System, 生命医薬情報学連合大会 @ タワーホール船堀(東京都江戸川区) (Oct. 14-17, 2012). ポスター発表.
[P51] Tamada, Y., Large-scale Gene Network Estimation with K Computer, 第 50 回 日本生物物理学会年会 @ 名古屋大学 東山キャンパス(愛知県名古屋市) (Sep. 23, 2012). 口頭発表.
[P50] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 新井田 厚司, 斉藤 あゆむ, 井元 清哉, 長﨑 正朗, 宮野 悟, スーパーコンピュータを用いた遺伝子ネットワーク推定による癌予後予測および薬剤応答パスウェイ予測, 第 12 回 東京大学 生命科学シンポジウム @ 東京大学 山上会館(東京都文京区) (Jun. 30, 2012). ポスター発表.

FY2011

(April 2011 - March 2012)
[P49] 玉田 嘉紀, スーパーコンピュータによる大規模遺伝子ネットワーク推定, 情報処理学会 第74回全国大会 @ 名古屋工業大学 御器所キャンパス(愛知県名古屋市) (Mar. 8, 2012). 口頭発表.
[P48] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 新井田 厚司, 斉藤 あゆむ, 長崎 正朗, 井元 清哉, 宮野 悟, SiGN-BN: ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定プログラム, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」・次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ナノ)・次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ライフ)公開シンポジウム @ ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(兵庫県神戸市) (Mar. 5-6, 2012). ポスター発表.
[P47] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 新井田 厚司, 斉藤 あゆむ, 長崎 正朗, 井元 清哉, 宮野 悟, SiGN-BN: ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定プログラム, ISLiM 成果報告会 2011 @ 東京大学武田ホール(東京都文京区) (Dec. 21-22, 2011). ポスター発表.
[P46] 玉田 嘉紀, 大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN, HGC スパコン Web サービス利用法講習会 @ 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター(東京都港区) (Oct. 25, 2011). 講習会講師.
[P45] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 長崎 正朗, 井元 清哉, 宮野 悟, 大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN, バイオスーパーコンピューティングサマースクール2011 @ 淡路夢舞台国際会議場(兵庫県淡路市)(Sep. 26 - 27, 2011). ポスター掲示のみ.

FY 2010

(April 2010 - March 2011)
[P44] Tamada, Y., Large-scale gene network estimation algorithms with high performance computing, IPR Seminer: New Era of Biosimulations with Supercomputers @ Institute for Protein Research (IPR), Osaka University (Mar. 4, 2011). Oral Presentation.
[P43] 玉田 嘉紀, ハイパフォーマンスコンピューティングによる大規模遺伝子ネットワークの推定とその応用, 日本バイオインフォマティクス学会 第1回 応用システムバイオロジー研究会 @ 東京医科歯科大学(東京都文京区) (Feb. 28, 2011). 口頭発表.
[P42] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 山口 類, 長崎 正朗, 井元 清哉, 宮野 悟, スーパーコンピューティングによる大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN, 第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム @ 理化学研究所計算科学研究機構および甲南大学ポートアイランドキャンパス(兵庫県神戸市) (Feb. 21-22, 2011). ポスター発表. Selected as the Best Poster Award.
[P41] 玉田 嘉紀, 遺伝子制御システムを解き明かす大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアの研究開発, 第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム @ 理化学研究所計算科学研究機構および甲南大学ポートアイランドキャンパス(兵庫県神戸市) (Feb. 21-22, 2011). 口頭発表.
[P40] 玉田 嘉紀, ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定のための並列アルゴリズム, 東京大学 大学院 情報理工学系研究科 コンピュータ科学専攻 須田研究室 第8回特別セミナー @ 東京大学 理学部7号館2階202会議室(東京都文京区) (Jan. 28, 2011). Seminar Presentation.
[P39] Tamada, Y, Shimamura, T., Yamaguchi, R., Imoto, S., and Miyano, S., SiGN: Large-scale gene network estimation environment for high performance computing, The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010, 2010 年日本バイオインフォマティクス学会年会) @ 九州大学医学部百年講堂(福岡県福岡市) (Dec. 13-15, 2010). Poster Presentation. Selected Poster for an Oral Presentation.
[P38] 玉田 嘉紀, 非線形回帰によるベイジアンネットワークを用いた遺伝子発現データからの遺伝子ネットワーク推定とその並列アルゴリズム, 生命体統合シミュレーションサマースクール 2010 @ 湘南国際村センター(神奈川県三浦郡葉山町) (July 5, 2010). Oral & Poster Presentation.

FY 2009

(April 2009 - March 2010)
[P37] Tamada, Y., Imoto, S., Nagasaki, M., and Miyano, S., Parallel algorithms for estimating multi-scale gene networks using nonparametric Bayesian Networks, 第 2 回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム (BSCS2010) @ MY PLAZA ホール(東京都千代田区)(Mar. 18-19, 2010). Poster Presentation. Selected as the Poster Award.
[P36] Tamada, Y., Supercomputing on Gene Network Estimation with Bayesian Networks, The 2nd NUS-UT Workshop on Computational Systems Biology @ Tokyo, Japan (Feb. 22-23, 2010). Oral Preseantation.
[P35] Tamada, Y., Imoto, S., Araki, H., Nagasaki, M., and Miyano S., A Parallel Algorithm for Estimating Genome-Wide Gene Networks using Nonparametric Bayesian Networks. The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009) @ Yokohama, Japan (Dec 14-16, 2009). Poster Presentation. Selected Poster for an Oral Presetantion.
[P34] Tamada, Y., Imoto, S., Nagasaki, M., and Miyano S., Large Scale Gene Network Estimation using Nonparamtric Bayesian Networks and Its Application to the Signal Transduction Pathway Analysis, The 2nd Joint Workshop on Computational Science (JWCS2009) @ RIKEN Yokohama, Japan (Jul. 9-10, 2009). Poster Presentation.
[P33] 玉田 嘉紀, 島村 徹平, 藤田 アンドレ, 新井田 厚司, 小島 要, Perrier, E., 沼田 和幸, 長崎 正朗, 斉藤 あゆむ, 井元 清哉, 宮野 悟, 計測データから薬剤応答の動的ネットワークを抽出する統計解析法の開発, 東京大学 医科学研究所 研究成果発表会 @ 東京大学 医科学研究所(東京都港区)(May 28-19, 2009). Poster Presentation.

FY 2008

(April 2008 - March 2009)
[P32] Tamada, Y., Araki, H., Imoto, S., Nagasaki, M., Doi, A., Nakanishi, Y., Tomiyasu, Y., Yasuda, K., Dunmore, B., Sanders, D., Humphreys, S., Print, C., Charnock-Jones, D.S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks, The Pasific Symposium on Biocomputing (PSB) 2009 @ Hawaii, USA (Jan. 5-9, 2009). Oral Presentation.
[P31] 玉田 嘉紀, 井元 清哉, 長崎 正朗, 宮野 悟, ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアの研究開発とその応用事例, バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008 @ MY PLAZA ホール(東京都千代田区)(Dec. 25-26, 2008). Poster Presentation.
[P30] Tamada, Y., Shimamura, T., Yamaguchi, R., Imoto, S., Nagasaki, M., Saito, A., Ueno, K., Hatanaka, Y., Fujita, A., Numata, K., Perrier, E., Kojima, K., Yoshida, R., Higuchi, T., Yamauchi, M., Gotoh, N., and Miyano, S., Computational Strategies for Reconstructing Large-Scale Gene Networks, The 1st Joint Workshop on Computational Science @ RIKEN Wako, Japan (Jul. 7-8, 2008). Poster Presentation.
[P29] Tamada, Y., Imoto, S., Araki, H., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Tomiyasu, Y., Yasuda, K., Print, C.G., Charnock-Jones, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Strategic Method for Finding Signaling Pathways that Control Drug-related Gene Networks, The 16th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2008) @ Toronto, Canada (Jul. 20-23, 2008). Poster Presentation.
[P28] Tamada, Y., Computational Drug Target Gene Discovery, The 1st NUS-UT Joint Workshop on Computational Systems Biology @ Singapore (Sep. 29-30, 2008). Oral Presentation.

FY 2006

(April 2006 - March 2007)
[P27] 玉田 嘉紀, 坂内 英夫, 井元 清哉, 片山 俊明, 金久 實, 田代 康介, 久原 哲, 宮野 悟, 異種ゲノムデータの統合による遺伝子ネットワーク推定, 統計数理研究所 統計数理セミナー @ 統計数理研究所(東京都港区)(May 10, 2006). Oral Presentation.

FY 2005

(April 2005 - March 2006)
[P26] 玉田 嘉紀, システムズバイオロジーにおける遺伝子ネットワークの推定とデータ同化手法の応用, 統計数理研究所 平成17年度 研究報告会 @ 統計数理研究所(東京都港区)(Mar. 17, 2006). Oral Presentation.
[P25] 玉田 嘉紀, 坂内 英夫, 井元 清哉, 片山 俊明, 金久 實, 田代 康介, 久原 哲, 宮野 悟, 遺伝子ネットワーク推定における異種ゲノムデータの統合手法, バイオインフォマティクスと統計科学 @ 統計数理研究所(東京都港区) (Jan. 16 2006). Oral Presentation
[P24] Tamada, Y., Imoto, S., Higuchi, T., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano S., Identification of Drug Active Pathways Based on Gene Networks and Drug Response Gene Expression Data, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2006 @ Hawaii, USA (Jan. 3-7, 2006). Poster Presentation.
[P23] Tamada, Y., Imoto, S., Tashiro K., Kuhara S., and Miyano S., Identification of Drug Active Pathways Based on Gene Networks Estimated by Bayesian Networks and Gene Expression Data, The 16th International Conference on Genome Informatics (GIW2005) @ Yokohama, Japan (Dec. 19-21, 2005). Poster Presentation.
[P22] Tamada, Y., (Title in Japanese), Domestic workshop on data assimilation @ Okinawa, Japan (Nov. 21-22, 2005). Poster Presentation.
[P21] Tamada, Y., (Title Forgotten), European Conference on Computational Biology (ECCB05). @ Madrid, Spain (Sep. 28 - Oct. 1, 2005). Poster Presentation.
[P20] Tamada, Y., Imoto, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Identifying Drug Active Pathways from Gene Networks Estimated by Gene Expression Data, The fifth Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (ISBS2005) @ Berlin, Germany (Aug. 22-25, 2005). Oral Presentation.

FY 2004

(April 2004 - March 2005)
[P19] Tamada, Y., Bannai, B., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M. and Miyano, S., Estimating gene networks from gene expression data and evolutionary information using Bayesian network models, The 3rd Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2005) @ Singapore (Jan. 17-21, 2005). Poster Presentation.
[P18] Tamada, Y., Bannai, B., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M. and Miyano, S., Estimating gene networks utilizing evolutionary information and gene expression data with Bayesian network models, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2005 @ Hawaii, USA (Jan. 4-8, 2005). Poster Presentation.
[P17] Nariai, N., Tamada, Y., Imoto, S., and Miyano, S., Estimating Regulatory Networks from DNA Microarrays and Protein-Protein Interactions, December, 2004 (GIW 2004 Poster).
[P16] Tamada, Y., Bannai, B., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M., and Miyano, S., Modeling gene networks utilizing evolutionary information using Bayesian network models, December, 2004 (GIW 2004 Poster).
[P15] Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S., Katayama, K., and Miyano, S., (Title in Japanese), Domestic conference on statistics @ Hanamaki, Iwate, Japan (Sep. 4, 2004). Oral Presentation.

FY 2003

(April 2003 - March 2004)
[P14] Tamada, Y., Kim, S.Y., Bannai, B., Imoto, S., Tashiro, L., Kuhara, S., and Miyano, S., Combining Gene Expression Data with DNA Sequence Information for Estimating Gene Networks Using Bayesian Network Model, Genome Informatics, 14, 352-353, 2003. Poster Presentation at The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW2003) @ Yokohama, Japan (Dec. 14-17, 2003).
[P13] Tamada, Y., Kim, S.Y., Bannai, H., Imoto, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano S., Estimating gene networks from gene expression data by combining Bayesian network model with promoter element detection, European Conference on Computational Biology (ECCB) 2003 @ Paris, France (Sep. 27-30, 2003). Poster & Oral Presentation.
[P12] Tamada, Y., Kim, S.Y., Bannai, H., Imoto, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., (Title in Japanese), Domestic conference on statistics @ Nagoya, Japan (Aug. 3, 2003). Oral Presentation.
[P11] Tamada, Y., Kim, S.Y., Bannai, H., Imoto, S., Tashiro, K., Kuhara, S., and Miyano, S., Combining Bayesian Network Model with Promoter Element Detection for Estimating Gene Networks from Gene Expression Data, The 11th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2003) @ Brisbane, Australia (Jun. 29 - Jul. 3, 2003). Poster Presentation.

FY 2002

(April 2002 - March 2003)
[P10] Ott, S. *, Tamada, Y.*, Bannai, H., Nakai, K., and Miyano, S., Intrasplicing - Analysis of Long Intron Sequences, Eighth Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2003) @ Hawaii, USA (Jan. 3-7, 2003). Poster Presentation. (*) Equally contributed to this work.
[P9]  Tamada, Y., Ott, S., Bannai, B., Kim, S.Y., Nakai, K., and Miyano, S., Analysis of Aberrant Splicing Data, Genome Informatics 13, 424-425, 2002. Poster Presentation at The 13th International Conference on Genome Informatics (GIW2002) @ Tokyo, Japan (Dec. 16-18, 2002).
[P8] Bannai, B., Nakai, K., Ott, S., and Tamada, Y., Search for Structure in Long Introns, The 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2002) @ Edmonton, Canada (Aug. 3-7, 2002). Co-author's Poster Presentation.
[P7] Bannai, B., Tamada, Y., Ott, S., Kim, S.Y., Nakai, K., and Miyano, S., Correlation between Intron Length and Its Base Composition, The 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2002) @ Edmonton, Canada (Aug. 3-7, 2002). Co-author's Poster Presentation.

FY 2001

(April 2001 - March 2002)
[P6]  Bannai, B., Tamada, Y., Maruyama, O., Nakai, K., and Miyano, S., iPSORT: Simple rules for predicting N-terminal protein sorting signals, The 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2001) @ Copenhagen, Denmark (Jul. 21-25, 2001). Co-author's Poster Presentation.

FY 2000

(April 2000 - March 2001)
[P5]  Tamada, Y., Bannai, B., Maruyama, O., and Miyano, S., HypothesisCreator: A Framework for Knowledge Discovery Application Development. Genome Informatics 11, 360-361, 2000. Poster Presentation at The 11th Workshop on Genome Informatics (GIW2000) @ Tokyo, Japan (Dec. 18-19, 2000).
[P4] Bannai, B., Tamada, Y., Maruyama, O., Nakai, K., and Miyano, S., Charaterization of Subcellular Localization Signals Using HypothesisCreator. Genome Informatics, 11, 362-363, 2000. Co-author's Poster Presentation at The 11th Workshop on Genome Informatics (GIW2000) @ Tokyo, Japan (Dec. 18-19, 2000).
[P3] Bannai, B., Tamada, Y., Maruyama, O., and Miyano, S., HypothesisCreator : An environment that assists the design and implementation of computational experiments for knowledge discovery from genomic databases, The 8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2000) @ San Diego, California, USA (Aug. 19-23, 2000).
[P2] Maruyama, O., Tamada, Y., Matsumoto, S., Miyano, S., ViewDesigner: A Tool of Designing Views on Data in Discovery System HypothesisCreator. Currents in Computational Molecular Biology (Frontiers Science Series), 30, 22-23, 2000. Co-author's Poster Presentation at The 4th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB2000) @ Tokyo, Japan (Apr. 8-11, 2000).

FY 1999

(April 1999 - March 2000)
[P1]  Tamada, Y., Matsumoto, S., Maruyama, O., and Miyano, S., ViewDesigner: A Tool for Designing Viewscopes in Discovery System HypothesisCreator. Genome Informatics, 10, 215-216, 1999. Software Demonstration at The 10th Workshop on Genome Informatics (GIW99) @ Tokyo Japan (Dec. 14-15, 1999).

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