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健康・医療・生命科学分野でのビッグデータ解析・AI（人工知能）・機械学習・並列アルゴリズム・大規模計算・情報抽出・知識発見をテーマに研究・教育及びスタートアップ企業を通した研究成果の社会実装に取り組んでいます。

特任助教／研究員として一緒に研究していただける方を募集しています。（勤務地：弘前または京都）

弘前大学医学部バスケットボールサークルやってます。🏀 興味のある方はお気軽に連絡ください。

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ORCID ID: 0000-0003-3483-9712

近著

• Tomoto, M., Mineharu, Y., Sato, N., Tamada, Y., Nogami-Itoh, M., Kuroda, M., Adachi, J., Takeda, Y., Mizuguchi, K., Kumanogoh, A., Natsume-Kitatani, Y., Okuno, Y. Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information, Scientific Reports, 14, 1315, 2024. (Full text)
• Nakamura, K., Uchino, E., Sato, N., Araki, A., Terayama, K., Kojima, R., Murashita, K., Itoh, K., Mikami, T., Tamada, Y., Okuno, Y. Individual health-disease phase diagrams for disease prevention based on machine learning, Journal of Biomedical Informatics, 104448, 2023. (Full text)
• Shimizu, S., Kondo, J., Onuma, K., Coppo, R., Ota, K., Kamada, M., Harada, Y., Tanaka, Y., Nakazawa, M.A, Tamada, Y., Okuno, Y., Kawada, K., Obama, K., Coffey, R.J., Fujiwara, Y., Inoue, M. Inhibition of the bone morphogenetic protein pathway suppresses tumor growth through downregulation of epidermal growth factor receptor in MEK/ERK-dependent colorectal cancer, Cancer Science, 114, 3636–3648, 2023. (Full Paper)
• Yamauchi, T., Koyama N., Hirai, A., Suganuma, H., Suzuki, S., Murashita, K., Mikami, T., Tamada, Y., Sato, N., Imoto, S., Itoh, K., Nakaji, S. Definition of a dietary pattern expressing the intake of vegetables and fruits and its association with intestinal microbiota, Nutrients, 15(9), 2104, 2023. (Full Paper)
• Tatara, Y., Yamazaki, H., Katsuoka, F., Chiba, M., Saigusa, D., Kasai, S., Nakamura, T., Inoue, J., Aoki, Y., Shoji, M., Motoike, I., Tamada, Y., Hashizume, K., Shoji, M., Kinoshita, K., Murashita, M., Nakaji, S., Yamamoto, M., Itoh, K.. Multiomics and artificial intelligence enabled peripheral blood-based prediction of amnestic mild cognitive impairment, Current Research in Translational Medicine, 71 (1), 103367, 2023. (Full text)
• Yamaguchi, T., Nomura, A., Matsubara, A., Hisada, T., Tamada, Y., Mikami, T., Ishida, M., Effect of gut microbial composition and diversity on major inhaled allergen sensitization and onset of allergic rhinitis, Allergology International, 72(1), 135-142, 2023. (Full text)

連絡先

E-Mail アドレス: y.tamadaxatxhirosaki-u.ac.jp (Replace "xatx" with "@")
〒036-8562　青森県弘前市在府町5 弘前大学 健康・医療データサイエンス研究センター
PGP Public Key (fingerprint: 308D 0D57 7755 33F8 FAAA 7006 E5FD A985 2BDF 40D8)

研究

医療データ解析学

弘前大学 COI-NEXT 岩木健康増進プロジェクト健診 に代表される健康ビッグデータ、電子カルテに蓄積された患者データなどの各種医療情報、オミクスデータ、生命科学・医学分野における過去の膨大な文献情報、各種バイオインフォマティクス手法、数学的・統計学的・情報科学的モデリング手法、機械学習、人工知能 (AI) を組み合わせ、健康予測改善・疾患予兆発見・診療支援・創薬・医療高度化・個別化医療の実現を目指します。

遺伝子ネットワーク推定・解析

RNA-Seq 等による遺伝子発現データ、タンパク間相互作用情報や DNA 配列情報などの生物学的なデータ・オミクスデータから、数学的・統計学的・情報科学的な方法によりスーパーコンピュータ（スパコン）を用いて，細胞内の遺伝子制御のネットワークである「遺伝子ネットワーク (Gene Network) 」を解き明かす研究をしています。

令和 6 年度（西暦 2024 年度）外部資金・研究プロジェクト

• JST 共創の場形成支援プログラム (COI-NEXT)「健康を基軸とした経済発展モデルと全世代アプローチでつくるwell-being地域社会共創拠点」
• JSPS 科研費基盤(B)「機械学習を用いた因果探索による化学物質の発生毒性の革新的な予測手法の開発」分担（代表：曽根秀子）
• JSPS 科研費基盤(C)「連合学習による生体分子ネットワーク推定法の研究」代表
• JSPS 科研費基盤(C)「 ヘルスリテラシーを高め行動変容を促すALD・NAFLD予兆モデルの社会実装試行」分担（代表：本村純）
• JSPS 科研費基盤(C)「人工知能による予後予測精度の高い早期変形性膝関節症診断基準作成にむけた疫学研究」分担（代表：佐々木英嗣）
• 文部科学省 富岳成果創出加速プログラム「『富岳』で目指すシミュレーション・AI駆動型次世代医療・創薬」（代表：奥野恭史）

担当授業

２０２４年度（令和６年度）の担当授業については 所属講座のページ を見てください。

過去の担当授業

ソフトウェア・ウェブサービス

TCNG : 癌関連公開遺伝子発現データによる遺伝子ネットワークデータベース

SiGN : 遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア群

    バックアップサイト 　HGC のウェブサーバーがメンテナンスなどで繋がらない場合はここを参照ください。

SiGN-BN : ベイジアンネットワークを用いた遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア

SiGN-SSM：状態空間モデルを用いた遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア

Genomon: DNA シークエンス・マッピング＆データ解析パイプライン

プロフィール

名前	玉田 嘉紀（たまだ よしのり）
所属	弘前大学 大学院医学研究科附属 健康・医療データサイエンス研究センター 医療データ解析学講座
職位	センター長／教授
その他の 所属・身分	京都大学 大学院 医学研究科 ビッグデータ医科学分野 客員研究員
学位	京都大学博士（情報学）（2005 年 11 月 24 日）
研究テーマ	医療データ解析学 ビッグデータ医科学 医療ビッグデータ解析 生物情報学（バイオインフォマティクス，Bioinformatics） システム生物学 (Systems Biology) 遺伝子ネットワーク推定 超多変量ベイジアンネットワーク推定 スーパーコンピュータによる超並列計算・大規模計算 知識発見支援システムの研究開発
その他の所属	下記、医学研究科共同研究講座の教授も併任しています。 （詳細は 研究科講座一覧 をご覧ください） ・デジタルヘルスケアワークスタイル研究講座（令和5年10月1日〜） ・体内環境モデリング研究講座（令和5年4月1日〜） ・予防医学推進学講座（令和5年4月1日〜） ・ミルク栄養学研究講座（令和5年4月1日〜） ・オーラルヘルスサイエンス学講座（令和5年2月1日〜） ・健康寿命延伸学講座（令和4年8月1日〜） ・QOL推進医学講座（令和4年5月1日〜） ・メタボロミクスイノベーション学講座（令和4年5月1日〜） ・ビューティウェルネス学研究講座（令和4年4月1日〜） ・未病科学研究講座（令和3年4月1日〜） ・データヘルス研究講座（令和3年4月1日〜） ・野菜生命科学講座（令和3年1月1日〜） ・アクティブライフポロモーション学研究講座（令和2年11月1日〜、以下同） ・食と健康　科学講座 ・先制栄養医学講座 ・フローラ健康科学講座 ・デジタルニュートリション学講座

職歴

2005 年	12 月	〜	2006 年	6 月	大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 統計数理研究所 統計科学技術センター 助手
2006 年	4 月	〜	2006 年	6 月	国立大学法人 総合研究大学院大学 複合科学研究科 統計科学専攻 助手（併任）
2006 年	7 月	〜	2008 年	4 月	GNI Systems Pharmacology Research Institute Senior Researcher
					2006 年 12 月 〜 2007 年 12 月 英国ケンブリッジ大学 Visiting Researcher
2008 年	5 月	〜	2011 年	3 月	東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター DNA 情報解析分野 特任助教
2011 年	4 月	〜	2016 年	3 月	東京大学 大学院 情報理工学系研究科 コンピュータ科学専攻 （ 須田研究室 ） 助教（学部兼担： 理学部 生物情報科学科 ）
2016 年	4 月	〜	2017 年	12 月	東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター DNA 情報解析分野 特任講師
2018 年	1 月	〜	2020 年	3 月	京都大学 大学院 医学研究科 人間健康科学系専攻 医療情報AIシステム学講座（富士通株式会社・株式会社富士通研究所との共同研究講座。2020年3月末日で終了） 特定准教授
2020 年	4 月	〜	2020 年	10 月	京都大学 大学院 医学研究科 人間健康科学系専攻 臨床看護学講座 ビッグデータ医科学分野（ 奥野研 ） 特定准教授
2020 年	4 月	〜	2020 年	10 月	理化学研究所 科技ハブ産連本部 医科学イノベーションハブ推進プログラム 医薬プロセス最適化プラットフォーム推進グループ 客員研究員
2020 年	11 月	〜	2023 年	3 月	弘前大学 大学院医学研究科附属 健康未来イノベーションセンター 医療データ解析学講座 教授
2021 年	4 月	〜			京都大学 大学院 医学研究科 ビッグデータ医科学分野 客員研究員
2023 年	4 月	〜			現職（健康・医療データサイエンス研究センター設立に伴う所属変更）

学歴

2001 年	3 月	東海大学 理学部 情報数理学科 卒業
2003 年	3 月	東海大学 大学院 理学研究科 数学専攻 修士課程（博士前期課程）修了
2005 年	11 月	京都大学 大学院 情報学研究科 知能情報学専攻 博士後期課程修了 （京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 生物情報ネットワーク研究領域（阿久津研究室）） 学位：京都大学博士（情報学）取得

リンク

• 京都大学 大学院 医学研究科 人間健康科学系専攻 ビッグデータ医科学分野（奥野研）
• ここのバックアップサイト (hgc.jp)
• 弘前大学 COI
• このプロジェクトの検診ビッグデータ解析が現在のメインタスクです。
• システム癌新次元
• 参加していた文科省新学術領域研究プロジェクトのウェブサイト
• 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター DNA 情報解析分野・シーケンスデータ情報処理分野
  • 私が以前所属していた宮野研究室のウェブページです．
• スーパーコンピュータを用いた大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN
• Biosupercomputing vol. 7 に書いた紹介記事。
• 理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム データ解析融合研究開発チーム
  • 次世代スパコンプロジェクトにおいてデータ解析とシミュレーションの融合を研究しているチームです．
• 理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム
  • 次世代スパコンプロジェクトにおいてライフサイエンス分野の応用研究として「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」を行っている理化学研究所の研究組織です．
• 次世代スーパーコンピュータプロジェクト
  • いわゆる「次世代スパコン」を開発している本部のウェブページです．
• 新学術領域研究「システムがん」
  • がんの統合的理解へ向けて，開発したソフトウェアがここで使われています．
• 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
• 玉田嘉紀（京都大学教育研究活動データベース）
• 玉田嘉紀（共立出版・著者情報）
  • 共立出版の著者ページ
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